Vùng đất thung lũng sông Amur đã lôi kéo người Nga vào cuộc xung đột với nhà Thanh.[5] Năm 1649, đoàn thám hiểm thứ hai do Yerofey Khabarov chỉ huy được cử đi. Khabarov đến vùng thượng lưu của sông Amur, nơi sinh sống của người Daur, nhận thấy họ đã bỏ hoang làng mạc rời đi để tránh tiếp xúc với người Cossack. Chuyến đi không mang lại lợi ích trước mắt nhưng có vai trò quan trọng: Khabarov tìm ra các tuyến đường sông thuận tiện hơn và nhận thấy cần phải đi xuống xa hơn với lực lượng lớn hơn. Hài lòng với kết quả, Khabarov, cùng một số người, quay trở lại Yakutsk. Những người còn lại thu cống nạp từ các bộ lạc lân cận.[14][15]

Khabarov lại khởi hành một lần nữa từ Yakutsk vào năm 1650, xuôi thuyền về phía nam và cuối cùng đến Yakesa (雅克薩, Nha Khắc Tát), một khu định cư kiên cố của người Daur. Sử dụng súng và pháo hạm, Khabarov khuất phục người Daur và xây dựng Albazin — khu định cư đầu tiên của nguời Nga bên sông Amur.[16][17] Giữa năm 1651, Khabarov đi thuyền xuôi sông Amur từ Albazin với hơn 200 người Cossack và ít nhất 3 khẩu đại bác lớn. Sau 4 ngày, họ đến được một khu định cư lớn của Daur do Guigudar cai trị. Đây không phải là thành bình thường ở vùng Amur: nơi đây được củng cố bởi ba tuyến công trình phòng thủ và được đồn trú bởi đội quân Nanai-Jucher hơn 800 người, cùng với 50 kỵ binh người Mãn. Tuy nhiên, lợi thế về vũ khí mới có ý nghĩa quyết định. Người Nga nhanh chóng giành chiến thắng và giết hại không thương tiếc những người thua trận.[18] Sau chiến thắng, Khabarov tiếp tục đi sâu hơn theo dòng Amur, tiếp tục các cuộc chinh phạt chống lại các bộ lạc Amur khác cho đến khi đến Achansk (烏扎拉, Ô Trát Lạp, ngày nay là Khabarovsk), một khu định cư lớn của người Nanai. Ban đầu, người Nanai chào đón người Nga khi họ đến vào khoảng cuối tháng 8 năm 1651 và thiết lập một pháo đài tạm thời ở gần đó. Vào ngày 5 tháng 9, một liên quân người Nanai-Jucher tập kích doanh trại, tận dụng thời điểm một số Cossack rời khỏi. Với hơn 800 người, họ áp đảo về mặt quân số nhưng cuối cùng vẫn bị đánh bại. Người Nga sau đó xây dựng một thành trì ở Achansk, đặt theo tên Khabarov. Sau khi người Nga xây dựng thành trì ở Achansk, người Mãn quyết định đánh đuổi và tái khẳng định bá quyền ở vùng Amur. Biết tới sự xâm nhập của Nga ngay từ năm 1643, người Mãn Châu chỉ nhận ra mức độ nghiêm trọng 8 năm sau khi các bộ lạc địa phương cầu xin giúp đỡ.[19]